一是冷庫的選址。醫藥冷庫要求“不斷鏈”決定了“車與庫的無縫對接”設計方式，要求必須配置專用的停車位并與冷庫合理連接。最簡單的實現方式是冷庫設置在一樓，可與裝卸區停車位直接對接，從而簡化布局與操作。但實際上由于地形、建筑尺寸、業務需求等方面因素的干擾，往往會出現一樓空間不足的情況發生，因此冷庫必須設置在其他樓層，而裝卸區的停車位與冷庫間就形成了上下樓的運輸與溫度控制問題。這就必須依靠專用的冷庫電梯進行連接，而樓層越高，電梯井的長度就越長，對作業效率、溫度控制、能耗的制約作用就越大。單從保溫性角度考慮，地下室的效果最好，后期運營的能耗最低，但地下室的基建成本較高，貨物上下的效率會受電梯的影響較大。醫藥冷庫地址的選擇需要綜合項目的實際情況進行考量而做出選擇。
二是冷庫大小、數量、制冷量的確定。合理配置的冷庫需保證業務的正常運營，在業務量出現波動時，應通過幾個冷庫的靈活調度來滿足業務需求，同時降低運營費用，盡量避免出現前期投資過大、中期能耗過大、后期擴展區不足，以及大馬拉小車等情況的發生。同時在設備選型時，應結合各庫區分區控制方式進行精確計算，以保證冷負荷與制冷量相匹配，實現能耗的合理配置，杜絕庫區一開全開、一關全關的情況發生。
三是冷庫建筑形式、保溫材料等的選擇。由于冷庫是個全密閉的環境，所以冷庫的外墻、地面、屋頂、門等部分的保溫設計的好壞，將直接影響后期的保溫效果以及運營費用，因此冷庫保溫材料的選用必須因地制宜，既要有良好的隔熱性能，又要經濟實用。